В сферу научных интересов музея входят также археологические памятники округи Извары и шире – всей Ижорской возвышенности, составлявшей в средние века территориальную основу Водской земли Новгородского государства [Рябинин 2001: 13 - 18]. Курганы Ижорского плато, раскопки которых оказали огромное влияние на формирующиеся интересы, мировоззрение и творчество юного Н.К. Рериха [Лебедев 1992: 204 – 206; Рябинин 1998; Лазаревич, Молодин, Лабецкий 2002], дают богатый материал для изучения славяно-финского взаимодействия, протекавшего здесь на протяжении второго тысячелетия нашей эры и продолжающегося по сей день. Открываемые сейчас памятники дорусского населения I – XI вв. н.э. (рис. 13), богатство и своеобразие материальной культуры «классических» петербургских курганов XII – XIV вв., значение Ижорского плато в истории Новгородской республики – все это заслуживает не только пристального изучения, начатого историками и археологами еще в последней четверти XIX столетия, но и адекватного отражения в музейных экспозициях.
В фондах Государственного Исторического Музея, Государственного Эрмитажа, Музея истории Санкт-Петербурга и Кингисеппского историко-краеведческого музея хранятся предметы из раскопок более чем 7 тысяч курганных и жальничных захоронений. Однако, к сожалению, в настоящее время древности Ижорского плато крайне фрагментарно представлены в постоянных экспозициях, причем лишь в ГИМе и Кингисеппе.
В Изваре сейчас экспонируются предметы из раскопок Е.А. Рябинина (Кайболовское городище, могильники Валговицы, Великино, Большие Озертицы и др.), Н.И Платоновой (могильник Озера) и случайные находки I – XV веков, а также артефакты из раскопок в усадебном парке. Перспективная программа развития музея-усадьбы Н.К. Рериха включает создание специальной историко-археологической экспозиции, посвященной древнему и средневековому прошлому Ижорской возвышенности с прилегающими территориями бассейна рек Невы и Луги. На новых экспозиционных площадях реставрируемого училищного дома будут показаны все этапы заселения рассматриваемой территории, начиная с эпохи неолита и заканчивая поздним средневековьем. В этой связи планируется проведение археологических раскопок с целью расширения источниковой базы исследований и пополнения фондов музея. Создание историко-археологического центра для комплексного изучения древностей Ижорского плато в их палеоэкологическом контексте – один из перспективных проектов музея. Помимо раскопок на территории усадьбы, намечены планы изучения курганно-жальничных могильников и селищ, находящихся под угрозой уничтожения или уже распаханных.
Музей-усадьба Н.К. Рериха сотрудничает с Северо-западной археологической экспедицией НИИКСИ СПбГУ; некоторые материалы из разведок и раскопок экспедиции на территории Волосовского района переданы музею руководителем работ С.Л. Кузьминым. Консультативную помощь музею постоянно оказывают сотрудники Института Истории Материальной Культуры РАН и Государственного Эрмитажа.